سپتیک تانک بی هوازی با یک جداره به دو قسمت تقسیم می شود , که در قسمت اول که ورودی آب از فاضلاب می باشد که به همراه لجن , چربی و... می باشد.
لازم به ذکر است که لوله ورودی آب از فاضلاب رو به پایین است که در زمانی که لوله چاه فاضلاب خشک شد و در موقع خشک شدن بوی خیلی بدی محوطه را در بر می گیرد که لوله سپتیک تانک که روبه پایین می باشد در این زمان آب را به لوله فاضلاب انتقال می دهد نمی گذارد بوی بد تشکیل شود.
در صورتیکه به فاضلاب اکسیژن نرسد باکتری های هوازی فعالیت و رشد خود را از دست می دهند وبه جای آنها باکتری های بی هوازی فعالیت خود را شروع می کنند .
روش کار باکتری بی هوازی به این نحو است که اکسیژن مورد نیاز خودرا از تجزیه مواد آلی ومعدنی موجوددرفاضلاب وارد شده به سپتیک تانک بی هوازی به دست می آورند.
باکتری های بی هوازی برخلاف باکتری های هوازی مواد فاضلاب موجود در سپتیک تانک را احیا می کنند.
مهمترین کاربرد روش استفاده از باکتری های بی هوازی در سپتیک تانک سربسته هضم لجن می باشد وتنها در تصفیه خانه های بسیار کوچک مانند سپتیک تانک از روش تعفن برای تصفیه ی فاضلاب استفاده می شود.
سپتیک تانک را می توان یک تصفیه کننده اولیه دانست که در مکان هایی که امکان چاه جذبی نباشد از سپتیک تانک استفاده می شود . لجنی که از طریق فاضلاب وارد سپتیک تانک می شود.قبل از ورود فاضلاب به مخزن اولیه باید پساب از آشغالگیرکه داخل مخزن قرار گرفته است , عبور کند. پس از فعل و انفعالات در قسمت اول سپتیک تانک که لجن سنگین ته نشین شده و چربی و لجن های سبک در قسمت بالای سپتیک تانک قرار می گیرند . چربی و لجن سبک توسط دیواره ای که این دو قسمت را از هم جدا کرده وارد قسمت دوم سپتیک تانک می شود که در این قسمت پس از تجزیه مواد آلی ناپایدار وتبدیل به نمک های معدنی پایدار و نیز گازهایی چون گاز هیدروژن, سولفوره , گاز متان , گاز کربنیک و گاز ازت می باشد.تولید گازهای نامبرده بویژه گازهیدروژن سولفوره موجب می شود که بوی ناخوشایند در سپتیک تانک ایجاد گردد.
همچنین برای دفع بوی ناخوشایند درون سپتیک تانک می توان از یک ونت جهت انتقال گاز تولید شده در سپتیک تانک به محل مناسب استفاده نمود.
سیستم سپتیک تانک طراحی بسیار ساده ای دارد این خصوصیت آنها را در کل کم هزینه تر و نصب و نگهداری سپتیک تانک را مقرون به صرفه کرده است .